El titulo es bastante explicativo, no me habia pasado en anteriores versiones de ubuntu pero en la ultima si. El problema, que como he oido os pasa a muchos, consiste en que cuando lanzamos el beryl-manager nos aparecen las ventanitas sin su decoración, da igual que intentemos refrescar el tema de ventanas o el gestor de escritorio, es inútil.
Para solucionarlo, simplemente hay que añadir la siguiente entrada:
Option "AddARGBGLXVisuals" "True"
en la sección Screen del fichero de configuración de las X, el /etc/X11/xorg.conf. Ahora solo faltarÃa reiniciar el escritorio para ello pulsad la combinación de teclas CTRL+ALT+BACKSPACE (El de borrar encima del return 
) o bien reiniciarlo por consola.
Para KDE
sudo /etc/init.d/kdm restart
Para GNOME
sudo /etc/init.d/gdm restart
Y ahora deberiamos poder ver nuestra ventanitas con algun tema de emerald